98ica ne mora biti na C-u...točnije, bitno je da ona misli da je na C-u.
A to riješavaš boot managerom kao što je boot magic, a i lilo može čudo učiniti (nađi na netu "Lilo mini howto" , čovjek je uspio ubjediti DOS da radi s non-C particije.
Jedino što bi win98 particija trebala biti primarna, a ne extended, ukoliko ti nije do uređivanja boot sektora s hex editorom
Evo jedan dobar linK:
http://www.goodells.net/multiboot/
"Understanding MultiBooting
and Booting Windows from an Extended Partition"