Još jedno rješenje. Postoji odlična ekstenzija Foxmark Bookmark Synchronizer:
https://addons.mozilla.org/firefox/2410/
Napraviš si account i uploadaš sve bookmarke na njihov server. Nakon reinstalacije opet složiš tu ekstenziju i svi ti se bookmarci vrate. Ovo je iznimno korisno ako koristiš Firefox na više lokacija jer uvijek imaš iste bookmarke. Ako ih izbrišeš/dodaš na jednom kompu oni se izbrišu/dodaju na drugom
Osim toga za backup ti je okej spremiti cijeli dir od profila jer si tako vratiš sve postavke na staro (bookmarci, cookiji, upisane lozinke i sl.).
Ovo ti je besplatni program koji olakšava stvar:
http://mozbackup.jasnapaka.com/