Ja ti to sve radim na isti nacin.
DVD na hard
DGIndex napravi project file i extracta zvuk
Napisem skriptu za avisynth u kojoj stavim kako slika treba izgledati, resize, crop, filteri... u ovoj fazi bi mogao razvuci sliku
BeSweetom obradim zvuk
Enkodiram CCE-om.
BTW za ovaj tvoj problem bi mogao pomoci DVDPatcher, samo ja ga nisam nikad koristio pa ti ne mogu nista reci.
http://www.videohelp.com/tools?tool=154