Bojim se da nešto krivo radiš. Na screenshotu koji si poslao se jasno vidi da ideš prepisati samo jedan file (filelist.xml) koji ima cca 0.8KB. Ako označiš samo taj file i kažeš mu da ga pošalje na server samo bi to trebalo i otići.
Osim ako CoreFTP nema neku opciju da ide uploadati i sve fileove na koje se file referencira. Ako takva opcija postoji - iključi ju.