Da, uredno možeš imati u /var/www/html/domena1 i /var/www/html/domena2,...
Samo napraviš conf fajlove da ti pokazuju koji direktorij.
Imam Proxmox s containerima gdje na jednom instaliran LAMP, u drugom Nginx proxy manager plus kupio domenu i povezao na Cloudflare.
napravio testnu poddomenu npr. test.domena.com na cloudflareu, u nginx proxy manageru složio poddomene i složio da gledaju 192.168.1.56 (lamp server) a na lampu složio conf za poddomene.