Ovako ako misliš spajati IDE kao priimarni disk (sa OSom i ostalim) onda prvo spoji samo njih dvoje instaliraj sve i onda dodaj SATA disk, ako misliš da SATA bude primarni onda samo njega i pržu spoji, pazi da su ti jumperi na IDE uređajima podešeni kako treba...
E sad moguće ti je da ti sere kontroler sa SATA + IDE u nekim kombinacijama pa provjeri koji portovi pripadaju nativnom Intel kontroleru a koji dodatnom (na njemu bi AFAIK trebao bit i IDE nakačen) pa se pobrini da budu razdvojeni i sve SATA kanale stavi u BIOSu na IDE mod i pazi da si ugasio RAID (nekad se ne ugasi do kraja samo time što si promjenio u IDE mod nego treba ručno pogasit sve po kanalima u BIOSu) i ako niti to ne proradi - probaj s drugim data kablovima...