Kad makneš tu kvačicu, windowsi te pitaju za password od usera koji je trenutno selektiran. Ako mu je u tom trenutku bio označen neki drugi user i (frend) upiše njegov pass, logirati će tog drugog usera (taj dio nije najsretnije riješen).
Tom drugom useru su (po defaultu) skriveni program files itd.
Što točno misliš pod "totalno razbacane"? Nalaze se u istim folderima ali se sad vide u drugom redoslijedu ili ?
BTW početni problem se rješava tako da se nakon instalacije net frameworka napravi restart i ide ponovo na win update - microsoft je izdao zakrpu upravo za taj problem (onemogućavanje automatskog logona nakon instalacije .net fw).