Jasno mi je sve, ali flatpak je po mom skromnom iskustvu ipak nešto bolji od snapa.

Nekad stvarno nemaš izbora pa si osuđen koristiti nešto od toga. Appimage isto polako raste, što misliš o njemu?
Notebook mi je inače poligon za testiranje, takve stvari mogu provjeriti jedino u normalnom radu gdje se aktivno koristi x aplikacija i konekcija, a virtualka je za nešto kritičnije testove. To onda preslikavam na klijente i multiuser okruženje gdje bi security trebao biti na višem stupnju. File mode je naravno mali dio svega toga.
Home mi i je zasebna particija. Iako koristim BTRFS, odlučio sam home staviti na odvojeni volume, čisto da sam sigurniji u slučaju petljanja s distribucijama jer svaka drugačije gleda na kombinaciju LUKS-a i BTRFS-a.