Probaj ploču upaliti u što "golijem" stanju, bez diskova, što manje rama i slično pa vidi rade li onda usb-ovi. Čudno mi je što ti grafička radi a ta PCI-e usb kartica ne. Probaj tu PCI-e usb karticu u portu gdje je grafička, a grafičku stavi u donji port...
Ali da, 99% da je matična. Eventualno probat s drugim napajanjem (ili ako imaš multimetar da izmjeriš ako imaš 5V na molexu na napajanju), makar mislim da ti nema 5V na napajanju da ni sama ploča ne bi radila.
Ako dođeš do zaključka da je ploča, možeš još probat sa vrućim zrakom skinuti integrirac od mrežne kartice, možda je on u kratkom spoju pa ti "ruši" napone (ili komunikaciju) za usb i ostale portove. To je ono, metoda prije bacanja ploče...