Zato šta nisi pazio prilikom instalacije / glupi winsi su po svome odradili a možda nisu ni pitali ... vjerojatno su stavili su boot loader na taj drugi hdd (vjerojatno je na njemu već bio).
Jedno od rješenja je ostavi spojen samo taj "sistemski hdd" i preko instalacije odradi repair da na taj hdd stavi / popravi boot loader.