Misliš na aplikacije čiji su fajlovi na drugoj particiji (D: disku) ?
Ako se radi o "jednostavnim" aplikacijama koje se ne integriraju previše u sistem onda bi mogle raditi. Ako radi lako sam napraviš Shortcut na Desktopu ili Start Menu.
U protivnom ćeš morati raditi reinstall svake aplikacije.