Mislim, može ih napraviti i iz Ubuntua. Njemu tak svejedno kako izgleda partition table nakon boota (bar se nekad moglo). Pobrišeš sve particije, napraviš Fat32 i onda iz instalacije Windowsa radiš kaj hoćeš (Fat32 će vidjeti sigurno pa formatiraš u NTFS).

Ja sam imao ovakvih problema sa instalacijama Windowsa primarno zbog "zgrebanih" CD/DVD-a.