Compact ti sreže image samo po blokovima koji sadrže nule, a kad brišeš datoteke samo ih odlinkaš pa ti u blokovima još uvijek piše stari sadržaj.
Instaliraj zerofree, pokreni ga na ro fs-u pa probaj onda compact. Ne znam točno kako VMware kompaktira, možda nešto drugačije radi, ali tako ja radim u virtualboxu.
Ili zdravo seljački dd om zapuni fs do kraja nulama pa obriši file:
dd if=/dev/zero of=/tmp/bigfile
pa onda kad krepa napraviš rm /tmp/bigfile
Ili exportaj disk image u drugi pa toga montiraj u virtualku, nema boljeg od toga
Osim toga, pogledaj kako si instalirao ubuntu, default instalacija ti grune na kraj diska swap particiju, to najbolje maknuti.
I napravi si snapshot kad skockaš virtualku