Pogledaj Event Log, System log...pretpostavljam da kašnjenje uzrokuje neki servis koji se ne digne od prve.
Ja povremeno (više i ne obraćam pažnju) imam sličnih problema s AVG antivirusom, počeli su nakon instalacije SP1.
Možeš probati u Adminstrative Tools->Services disablirati pojedine "sumljive" servise pa gledati kao to utječe na brzinu dizanja windowsa, no pazi što radiš.