To je problem sa Windows flash utility-em.
Druga stvar je kad dođe do većih promjena u BIOSu pa imaš problem zbog toga, al to je dosta rjeđe u odnosu na ovo prvo. Ja sam imao slučaj da je promijenjen način prepoznavanja geometrije diska, Linux se tu dobro "snašao", ali Windowse sam morao reinstalirati.