Ne bi trebalo biti problema. Inače pazi da ti je USB dovoljne veličine. Umjesto USBa koristim mali SSD od 8GB i to je onako na knap za računalo sa 4GB memorije, ostane 200-300MB slobodno, a i dobar dio se zapuni kod updatea, bolje bi bilo da je disk od 16GB. Gledaj da je stick velik bar kao memorija u računalu plus osam gigabajta, to bi trebalo biti ok.
Edit : i Docker drži na disku koji je za storage, ne na boot disku na kojem je OMV.