Kod kolniranja će ti se klonirati i taj F disk tako da bi možda bilo najbolje da ga formatiraš prije kloniranja jer i sam navodiš da je to neka prastara particija.
Što se tiče mbr-a, on će u potpunosti biti isti postojećem i sistem će se dignuti bez problema sa identičnim postavkama kakve sada imaš. Nisam dugo koristio program, ali mi se čini da ima opciju kloniranja samo određene particije, a ne i cijelog diska. U tom ti je slučaju posao olakšan jer ćeš klonirati samo c particiju.
Razmisli o tome da upotrijebiš program Acronis Migrate Easy kojim bi isto napravio na jednostavniji način obzirom da on sigurno ima opciju kopiranja samo određene particije.