Ruter rekt.
Za vise info sheraj logove, provjeri apache settings unutra su ti fileovi koje certbot kreira i koristi, vjerojatno je doslo do konfuzije buduci si prije imao settingse koji rade, a sad nanovo si napravio i imas koji ne rade. To moras uskladiti.
Jesi obrisao sve staro vezano za SSL? Ako nisi onda probaj u tom smjeru popravljat.