Ovako, ja imam dva diska (imam još jedan ali taj nije bitan). Oba su SATA, osim tog trećeg ali ni to nije bitno. Na prvom disku (Samsung) imam dvije particije, na prvoj su WinXP, na drugoj podaci. Na drugom disku (Seagate) su također dvije particije, na prvoj Vista X64, na drugoj podaci. Znači vrlo slično kao kod tebe, samo si ti zakomplicirao objašnjenje sa slovnim oznakama.
WinXP sam imao instalirane od ranije dok nije bilo drugog diska. Kad sam instalirao Vistu
isključio sam fizički disk gdje su WinXP (izvukao SATA kabel) da mi Vista ne napravi boot manager. Znači ja
nemam dual boot u pravom smislu riječi, već koristim opciju koju mi pruža BIOS prilikom boot-anja. Mislim da je esc ili tako nekako, već danima nisam gasio komp

Naravno u BIOS-u sam odredio default disk sa kojeg mi se boot-a Vista, a sa opcijom eventualno dignem WinXP. Kad se Vista instalirala onda sam ugasio komp i uključio taj drugi disk gdje su WinXP. Da trebam reinstalirati WinXP (ne trebam jer imam image) isključio bih disk gdje je Vista.
Na svim particijama imam sve te opcije u windows exploreru iako ga ne koristim, ali te iste opcije imam i u Total Commanderu (koji ti doista preporučam početi koristiti).
Razlog ovakvom ponašanju kod tebe je možda u ovlastima na određenim particijama pod security, owner i sl. Nadam se da znaš o čemu pričam, pogledaj tamo kakve su razlike između tih particija. Možda ne koristiš isti username na WinXP i Visti, možda nisi admin na svim particijama, vlasnik.....
Ono što sam ja primijetio je da Vista/WinXP znaju zbrljati ako se recimo jedan OS hibernira, pa se digne drugi dok je ovaj hiberniran. Isto tako obrišu si međusobno (ili samo Vista) restore pointe.
Ispričavam se na podužem postu, ali Kozmo

stvarno si zapeo oko prilično nebitne stvari koju vjerojatno možeš riješiti ručno. No ako ti se baš istražuje, a meni je teško jer nemam taj problem, onda pogledaj gdje sam ti rekao i nemoj stalno instalirati i nadati se da će se samo riješiti.
Edit: Ako hoćeš, možeš kreirati user-a, dati mu ovlasti, uključiti Remote Assitance ili mi samo dati IP, username i pass pa se zakačim sa Remote Desktop Connection, damewareom, vnc-om, logmein-om... i pogledam da li se da nešto napraviti.