Ventilatoru tak svejedno od kud dobiva 12V...
Samo dobro spoji i mora raditi.
EDIT:
Jedino ako nije neki vent koji ima veliku snagu, onda nemoj spajati na matičnu jer će pregoriti.
Obični ventovi imaju oko 2-4W snagu, dok npr. jedna delta ima 16W. A koliko matična max. dopušta, pogledaj u manualu.
No svaki normalni 120mm bi trebao raditi bez problema.