Najjednostavnije ti je da napraviš batch koji će prvo ubiti postojeće procese sa tim imenom:
TASKKILL /F /IM program.exe
c:\program.exe
Ovo je pod uvjetom da se izvršna datoteka zove program.exe i da je snimljena u root C diska. Možeš imati i dodatne filtere (po threadid-u, korisniku koji je pokrenuo, statusu aplikacije [not responding npr.] i sl)