Ako ne smijes mjenjati kod, mogao bi jednostavno napisati neki svoj mali wrapper oko tog exe-a. Tako da direktno ne pokrenes taj program nego svoj.
A onda tvoj program pogleda da li je vec pokrenut. Mozes standardni trik s CreateMutex() i WaitForSingleObject(). Ili taj tvoj program moze bas pretrazivati listu procesa u potrazi za tim programom.