Ja radim sličan setup već godinama, i naravno da radi bez ikakvih problema (btw. nikad u životu nisam instalirao programe u C:\Program Files), no ne očekuj bog zna što. Da, stavljanjem swapa na drugi fizički disk dobit ćeš mrvicu brzine, ali to je jako malo i u svakodnevnom radu nećeš baš osjetiti razliku. Ukoliko radiš s velikim video ili Photoshop fajlvoima, to je druga stvar - scratch disk je iznimno poželjno imati na drugom fizičkom disku, i to na prvoj particiji tog diska, i u tom slučaju ćešnešto više osjetiti ubrzanje (no opet se neće tresti brda).
Ukoliko želiš osjetnije ubrzanje RAID0 is the way to go, a što se tiče nestabilnosti odnosno rizika za podatke - jednostavno gore drži ISKLJUČIVO sistem, a stvari iz Applications foldera po potrebi automatski backupiraj nekom aplikacijom ili skriptom.