Riješeno, problem je bio u Filezilla-i, ali očito nešta u postavkama jer sam danas isprobao jako puno FTP klijenata i niti jedan nije radio kako spada.
Sve dok mi prijatelj nije preporučio CuteFTP, kojega sam htio izbjeći jer nije free, no s njim, kada ga se poštela kako spada (slika ispod):
Napokon je prebacio sve fajlove gore i site je proradio
Posebno hvala Niki za pomoć
Sada imam sljedeće pitanje, kako se update-a taj site ? Dal ću ja morati svaki puta sve fajlove gore bacati (jer neznam koji sve sve folderi i fajlovi stvore kada ja napravim npr. podstranicu)?