Ne vidim razloga da se ne formatira u NTFS. Ako se može najobičniji USB stick, ne vidim razloga da se ne bi moglo i s njime.
Što se tiče bootanja, to moraš vidjeti u postavkama BIOS-a ploče. Neke imaju tu mogućnost, a neke ne. Možda bi flashanje BIOS-a pomoglo, ali nije sigurno. Te se postavke najčešće nalaze u Advanced Chipset Options (ili slično). Baci oko u manual od ploče jer tamo je BIOS rasčlanjem do najsitnijih detalja.