Može biti svašta. Npr. problem s mrežom ili nekim drugim driverima.
Provjeri System log pomoću Event Viewera (control panel - administrative tools - event viewer) ima li kakvih crvenih križića.
Možeš probati (i) defragmentirati disk tako da se fajlovi koje sistem koristi kod bootanja optimalno poslože: defrag c: -b , no ne vjerujem da ti je to problem.