Ne znam koliko je bitno koji hard će biti master ili slave,
no da sam na tvom mjestu (tj. kad bi mi se dalo ponavljati instalacije) formatirao bih oba diska na fat32, instalirao 98icu na manji; zatim instalirao XP na veći - ne konvertirajući NTFS.
Kad sve proradi, možeš iz command prompta u XPu izvršiti konverziju, no onda iz 98ice nećeš vidjeti XP disk (postoji WinInternalsov alat NTFS for Win 9x, doduše).