Taj problem i ja imam, potpuno identičan, i rješenje nisam našao. Koju ploču imaš? Danas mi je palo na pamet da možda neće bootati sa sata diska jer sam možda stavio prilikom kreiranja particija u Partition Magicu na Logical partition umjesto Primary.
Isto tako sam skužio da prilikom instaliranja Windowsa na ata disk zapiše slijedeće fajlove: boot.ini, NTDETECT i ntldr.
Kada sam formatirao ata disk i restartao komp pisalo je "ntldr is missing" ali kada bi ga izvadio jednostavno bi pisalo invalid boot device, insert ...bla bla... što znaći da u tome nije problem.
Sad bi mi se jedino još isplatilo ovo s Primary i Logical partition ali mi se j*beno neda jer sam taman sve posložio i ušminkao kako spada. Daj ti probaj pa ako radi javi!
Evo ti link i na moj thread pa možda nešto iskombiniraš:
http://forum.pcekspert.com/showthread.php?t=41829