Linux boot loader (lilo ili grub) će ti pregaziti Windows boot loader (MBR prvog diska obično). Većina distri će automatski složiti dual boot tak da se oko toga ne trebaš brinuti. Windows boot loader vraćaš kasnije iz recovrery konzole sa "fixmbr" naredbom ili tako nekako (možeš sa "help" pogledati izbor naredbi i opcije). Postoji i opcija da kod instalacije linuxa ne daš da instalira boot loader pa sa "dd" naredbom prvih 512kb na disku prekopiraš na disketu i tako sačuvaš Win boot laoder pa tek onda instaliraš lilo ili grub .... ali to su već teže kemije.