Ne znam za EFI i sl. ali za MBR Windowsi će uvijek zapisati svoj bootloader na prvi disk u BIOS-u, znači ako npr. imam dva diska, Windows i Linux, i ako mi je Linux prvi disk u BIOS-u i instaliram Windowse na drugi, Windowsi će prilikom instalacije pregaziti bootloader na prvom (Linux) disku, a instalirat se na drugi. Zato uvijek promjenim boot order ako instaliram Windowse pored Linuxa da je Windows prvi disk, i onda kasnije promijenim.