Možeš zaustaviti servis - net stop ime_servisa i onda pokrenuti program normalno. Koliko znam, nekakve promjene na .exe fajlu nisu problem, dok god se nalazi u istom direktoriju i eventualno pokreće s istim parmetrima, onim koji su uneseni u registry.
Nakon izmjena program pokrećeš s net start ime_servisa ili restartom računala.