FAT32:
- nešto sitno brži i nesigurniji od NTFS-a, max veličina datoteke je 4 GB, nema enkripcije, nema dopuštenja,...
NTFS:
- sigurniji, podržava enkripciju, dopuštenja (permissions), ograničenja (quote), kompresiju,...
Datotečni sustav uvijek možeš konvertirat bez reinstalacije Windowsa pomoću raznih programa za particioniranje kao što je Partition Magic...