IMHO, ne bi trebal imati problema, obzirom da moderne Ubuntu (i druge Linux) distribucije podržavaju Secure Boot, pa je dosta da složiš Ubuntu
Live USB (GPT), bootaš s njega i prilikom instalacije odabereš drugi SSD (GPT).
Nakon toga, pod uvjetom da sve prođe OK, Ubuntu GRUB Boot Loader nudi opciju za odabrati Ubutnu i Windows instalaciju, pa se lako prebacuješ između njih.
