NTFS je mnogo bolji, jer ima dosta poboljsanja u odnosu na FAT32, a posebno na FAT16.
NTFS nativno podrzava enkripciju datoteka, sigurniji je, nema ogranicenja sto se tice velicine clustera (velicina clustera nije u zavisnosti od velicine diska, ili paricije), NTFS nema ogranicenja velicine datoteka (ustvari ima ali je negdje oko 2 TB). Mislim da je ogranicenje za FAT16 2Gb, a za FAT32 4Gb.
Isto tako Win NT su sa svojim FS brzi nego da rade na FAT-u.