Evo još jedna ideja,
digni Live Linux pa probaj sa zahebanom dd komandom odraditi copy / clone,
ovo zahebano znači da dobro paziš oznake šta je source a šta destination (koji disk)),
kroz command switch - eve možeš dodati da ti pokazuje postotak odrađenog (da možeš pratiti šta se dešava, [status=progress]),
isto tako možeš mu zadati da na grešku ide dalje a na destination će stavljati null (tako će odraditi željeno a naknadno možeš popraviti da u online ili offline sa ispravnih winsa (potrebno ista verzija) kopiraš oštećene fajlove, [conv=noerror, sync]).
Možda je moguće to odraditi i kroz GUI program - GParted ako mu se može zadati da preskače greške.
Za žuntu:
https://linuxconfig.org/how-dd-comma...-with-examples
https://www.geeksforgeeks.org/dd-command-linux/
https://serverfault.com/questions/49...r-disk-cloning