Ako ne definiraš putanje, datoteka će ti raditi u mapi u kojoj se nalazi. Tako da, kopiraš ju u tu mapu na d:, i tamo će ti stvarati nove poddirektorije i u njih kopirati datoteke.
Valjda sam dobro shvatio što hoćeš.
EDIT:
Znači ako sam ja dobro shvatio, ti hoćeš PDF datoteke iz D:/SCAN premjestiti u D:/SCAN/NEŠTO
Ovo što si napravio stavi u datoteku nekog naziva, tipa start.bat i pohrani u D:/SCAN
Code:
@echo off
: start
set /p x= name of folder :
md %x%
Ovo bi valjda trebao biti početak. Na kraj još dodaš naredbu da premjesti *.pdf u taj folder. Nešto ovako:
Code:
move *.pdf D:\SCAN\%x%
Exit
Ili kako već trebaju biti ove kose crte.

Igraj se (na test folderu, ne onom sa živim podacima) pa vidi što radi.