Pretpostavljam da koristis ovaj image
https://hub.docker.com/r/linuxserver/couchpotato/
Pogledaj dolje gdje imas docker-compose shemu i posebno dio
volumes:
Ukratko na taj nacin mozes sredit da ti se config ne brise kad updateas image (lijeva strana od dvotocke predstavlja host path a desna neki path unutar containera).
Ako ne koristis docker-compose nego mozda preko GUIa kreiras container onda mora biti negdje neki tab
Volumes gdje mozes selektirat koji path na containeru zelis syncat na host i tako sacuvat sto je unutra kada radis update (u tvom slucaju te zanima
/config path jer u njemu couchpotato sprema config).