Napiši sadržaj skripte.
Moguće je da je environment od root usera kad ga pokrećeš iz skripte različit (manje toga obuhvaća, tipa path) od env. kad ga pokrećeš iz shella.
Stavi apsolutne pathove do svakog od programa što ga pokrećeš u toj skripti. Znači umjesto "ls nešto" napiši "/bin/ls nešto"
To doduše ne objašnjava situaciju da ti ne rade ni predefinirani jobovi iz cron.daily itd.
Pejstaj i greške iz log datoteka od cron servisa. Probaj: "journalctl |grep cron"