Pa i koristit ćeš taj 1. hdd sasvim normalno za data, čisto sumnjam da će "patit perfomanse" jer usput nešto pročita / zapiše na os particiji.
U krajnjoj liniji stavi dodatni kontroler (poželjno dobre kvalitete / chipseta) i na njega stavi jedan data hdd.
Imaš još jednu varijantu koja se na Linux - u da složiti samo je treba znati složiti, ne kažem da znam, samo navodim kao opciju,
štos je da os / sistem bude u ram disku,
boot procedura ide cca ovako: boot sa hdd > pokreće rutinu koja kreira ram disk i os kopira / raspakira na njega > starta os sa ram diska.
U toj varijanti "prvi" boot može biti i sa usb - a, samo tada više čekaš dok kopira u ram, kasnije sami os "leti".