Staviš jedne Windoze na jedan disk, a druge na drugi. Kod dizanja sustava lupiš F12 za boot menu (ili koju već kombinaciju imaš na svojoj ploči) i odabereš s kojeg diska dižeš OS.
BTW: ovo nije pitanje za ovaj thread budući da je svejedno koju kombinaciju SSDa/HDDa imaš u kompu dođe te na isto.