/system u pravilu ne treba formatirati jer prilikom flešanja custom roma većina (ako ne i svi oni) u update skripti imaju naredbu za formatiranje systema. Bacite oko u zipu na meta-inf/com/google/android/updater-script za više detalja.
Sve mi se čini da to wipeanje systema prerasta onaj mit o brisanju dalvika.