eSATA priključak je u principu ista stvar kao SATA na samoj mobo.
Da li će radit boot (nebitno sad jeli za rad ili install) ovisi o pameti mobo (BIOS) tj. jel prepoznaje tako priključeni hdd i jeli ga "nudi" pri bootu.
Šta se boota i "rada" u takvoj kombinaciji, možeš oćekivat bleme ali mislim da su rješivi, npr. možda će trebat editirat boot.ini da ukazuje na taj (eSATA) hdd a ne na interni.