Nema to veze, kartica normalno radi. Kod mene je isto PCI-E 1.0 na ploči, a kartica PCI-E 2.0 i radi na x16 kak i treba.
Nek proba (makar teško da to ima veze, ali nikad se ne zna) isključiti sve kaj ima veze s integriranom grafičkom.
Eventulano staviti zadnji dostupan BIOS, možda pomogne.