mislis ako imas dva *.avi filea?
ako sam te dobro skuzio probaj googlat "GUI (graphical user interface) for mencoder"
jasno, bez ovog u zagradi
npr:
http://sourceforge.net/projects/mewig/
javi ako nadjes neki zadovoljavajuc, u terminalu je to napravit pizdarija ali ne znam kakvi su GUIi