Gle da spojiš fajlove ovako kao ti misliš (stikjedan na drugi bz konverzije) moraju biti apsolutno identični, dakle isti format, ista reza i ratio, ista verzija (pa i revizija vjerojatno) video i audio codeca, isti bitrate i isti FPS inače ako to nije zadovoljeno uvjek možeš oba raspakirati u neki raw format i u nečemu to spojit i smrvit u jedan video - ako imaš dovoljno diskovlja...
E sad s obzirom da se bitrate obično kalklkulira iz ostalih parametara onda očito nešto nije dobro postavljeno, provjeri opet, a ako fiksiraš rate a ne popraviš ostle nekaj drugo će ti "izletit" i provjeri si postavke varijabilnosti kodeca ako ih ima...